Cyfleuster Genomeg Parc Geneteg Cymru

Mae tîm labordy Parc Geneteg Cymru’n hwyluso mynediad at offer trwybwn uchel neu ddilyniannu’r genhedlaeth nesaf ym Mhrifysgol Caerdydd a Gwasanaeth Genomeg Feddygol Cymru Gyfan y GIG (AWMGS). Mae hyn yn cynnwys system TapeStation 4200, peiriannau ME220 gan Covaris, system MiSeq, system NovaSeq 6000 a dyfeisiau PromethION 2 Solo gan Oxford Nanopore Technologies. Mae Parc Geneteg Cymru’n cynnig dull hyblyg a phwrpasol i ddiwallu anghenion prosiectau ymchwil academaidd ac anacademaidd. Rydyn ni’n gallu cynnig cyngor a chymorth ymarferol, boed ar gynllunio prosiectau, rheoli ansawdd samplau, llunio llyfrgelloedd, dilyniannu, dadansoddi data trydyddol a mwy. Mae Parc Geneteg Cymru’n gweithio i sicrhau bod y gost o gael mynediad at y dechnoleg sylfaenol hon a’i defnyddio mor rhesymol â phosibl.

Offer

Enw	Brand/model	Manylion
TapeStation	Agilent / System TapeStation 4200	Mae TapeStation 4200 yn blatfform electrofforesis awtomataidd trwybwn uchel sy’n cael ei ddefnyddio ar gyfer rheoli ansawdd samplau. Mae’n gallu dadansoddi asid niwclëig, cynnig gwerthoedd integredd (rhifau integredd RNA a DNA) a chrynodi samplau. Mae pob rhes o ScreenTape sydd â 16-rhes yn defnyddio sampl o 1-2 µL (gan ddibynnu ar y pecyn), ac mae’n cymryd 1-2 funud i ddadansoddi pob sampl, neu 90 munud i ddadansoddi 96 o samplau.
Qubit	Qubit / 2.0	Mae fflworimedr 2.0 Qubit yn fflworimedr pen bwrdd ar gyfer meintioli DNA, RNA, a phroteinau. Mae'r llifynnau y mae'n eu defnyddio yn rhwymo i dsDNA, RNA neu broteinau, sy’n golygu nad yw halogyddion a allai effeithio ar ddulliau sy'n seiliedig ar amsugnedd yn cael effaith ar y mesuriadau. Dim ond sampl o 1 μL sydd ei hangen ar gyfer y rhan fwyaf o brofion.
Covaris	Covaris / ME220	Mae peiriant ME220 yn uwchsonigydd canolbwyntiedig pen bwrdd sy’n gallu prosesu rhwng un ac wyth o samplau sydd rhwng 15 µL a 500 µL o ran eu cyfaint. Mae’n gallu croeswasgu DNA ac echdynnu asid niwclëig o feinweoedd wedi’u gosod â fformalin a’u mewnosod â pharaffin (FFPE).
MiSeq	Illumina / MiSeq	Mae dilyniannwr bwrdd gwaith MiSeq yn rhoi mynediad at gymwysiadau megis dilyniannu genynnau wedi’i dargedu, metagenomeg, dilyniannu genomau bach, mynegi genynnau wedi’i dargedu a dilyniannu amplicon. Mae’n cynhyrchu hyd at 15 Gb o allbwn gyda 25 miliwn o ddilyniannau a dilyniannau 2x300 bp o ran eu hyd.
NovaSeq 6000	Illumina / NovaSeq 6000	Mae dilyniannwr NovaSeq 6000 yn system cell llif ddeuol sy’n gweithio gyda gwahanol fathau o gelloedd llif, dilyniannau o bob hyd a dau lif gwaith (safonol ac Xp). Mae’n gallu cynhyrchu 6 Tb o allbwn gyda 20 biliwn o ddilyniannau a dilyniannau 2x150 o ran eu hyd, a hynny mewn llai na dau ddiwrnod (dilyniannau 2x250 bp o ran eu hyd ar gael ar gyfer y gell llif leiaf yn unig). Mae’n cael ei ddefnyddio ar gyfer llyfrgelloedd ungellog, trawsgrifiomeg ofodol, dilyniannu genomau cyfan a dilyniannu ecsomau cyfan.
PromethION 2 Solo (P2 Solo)	Oxford Nanopore Technologies / PromethION 2	Mae PromethION 2 Solo (P2 Solo) yn ddyfais ben bwrdd fach ar gyfer dadansoddi a chynhyrchu data o hyd at ddwy gell llif PromethION. Mae modd dadansoddi pob cell llif yn annibynnol. Mae P2 Solo naill ai'n plygio i mewn i system GridION Mk1 neu gyfrifiadur perfformiad uchel i ffrydio a dadansoddi data mewn amser real.